阿合奇县拥有丰富的矿产资源，截至2013年9月，已探明的有20余种矿产，金、铁、铜、铅、铅锌、铁锰、重晶石、蛇纹石、大理石、石膏、粘土矿等储量较丰富。

阿合奇县水资源丰富，塔里木河的主要支流托什干河水系纵贯全境，多年平均径流量28亿立方米

阿合奇县动植物资源以甘草、雪莲、党参、锁阳(菌类)等质量优良，药用价值高。家饲动物有马、黄牛、牦牛、奶牛、绵羊、山羊。禽类有猎鹰、鸡、鸭、鹅、鸽等。