色帕巴依乡卫生院位于新疆维吾尔自治区东北部克州阿合奇县境内，位于阿合奇县与乌什县之间。东与乌仕县相联，南隔色帕巴依乡文化站至天山山脉东侧西北处，西与阿合奇县县相接壤，北至库兰萨日克乡接壤，S306省道穿乡而过。乡人民政府距离阿合奇县城25公里，全乡有3901人，农牧区合作医疗参合率99%.

色帕巴依乡卫生院始建于1958年，总占地面积5146.84平米，业务用房1564.86平米，医院编制床位15张，现有在职职工28人（卫生专业技术人员18名，经培训合格的全科医生2名，其中：本科0名、大专4名、中专14名，高级职称0人、中级职称0人、初级职称8人，护理人员7名，达到0.3名/床配备标准），开设有住院部、护理部、门诊部、公共卫生科、药剂科及行政后勤6个科室。承担着全乡农牧民的基本医疗、健康教育、计划生育、计划免疫、妇幼保健、合作医疗、公共卫生服务，开展心电图、B超、尿常规等检查，医疗用房1010平方米，医疗服务半径80公里，有村卫生室2个。