2021年，阿合奇县共有各级各类学校20所，全部采用国家通用语言教学，其中：中等职业技术学校1所（职业高中），初级中学1所，小学7所，幼儿园11所。共开设274个教学班级，在校生9733人。全县共计6605名中小学生享受义务教育“两免一补”政策，全年共下拨城乡义务教育保障机制公用经费882.34万元；3882名义务教育农村户籍学生享受“国家膳食营养计划补助”，全年共下拨营养改善计划补助资金349.58万元。

有县级医疗机构人民医院、疾控中心、妇幼保健站各1家，有乡（镇）卫生院6个，社区卫生服务中心1个，村级卫生室23个。全县每千人平均拥有卫技人员9.71人，医疗服务半径为200余公里。基本建立了由县人民医院、基层医疗卫生机构、专业公共卫生机构等组成的覆盖城乡的医疗卫生服务体系。